home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Celestin Apprentice 5 / Apprentice-Release5.iso / Source Code / Libraries / DCLAP 6d / dclap6d / SeqPups / tables / codon.table next >
Text File  |  1996-07-05  |  3KB  |  100 lines
  1.  
  2. Escherichia coli
  3.  
  4. 681 genes found in GenBank 63.
  5.  
  6.  Produced by J. Michael Cherry (cherry@frodo.mgh.harvard.edu) with the
  7.  GCG program CodonFrequency.
  8.  
  9.  Duplicates, pseudogenes, mutant and synthetic genes were not included.
  10.  Coding regions were specified using the Feature Table of each entry, then
  11.  checked for accuracy. If more than one stop codon was found the sequence
  12.  was not included.
  13.  
  14. Note for SeqPup usage ----
  15.   The start codon needs to be in >>lower case<< to
  16.   be recognized by SeqPup as the start codon.  Otherwise,
  17.   Met/atg will be used as the start codon for ORF searching.
  18.  
  19. AmAcid  Codon     Number    /1000     Fraction   ..
  20.  
  21. Gly     GGG     1743.00      9.38      0.13
  22. Gly     GGA     1290.00      6.94      0.09
  23. Gly     GGT     5243.00     28.22      0.38
  24. Gly     GGC     5588.00     30.08      0.40
  25.  
  26. Glu     GAG     3527.00     18.98      0.30
  27. Glu     GAA     8101.00     43.61      0.70
  28. Asp     GAT     6103.00     32.85      0.59
  29. Asp     GAC     4244.00     22.84      0.41
  30.  
  31. Val     GTG     4429.00     23.84      0.34
  32. Val     GTA     2231.00     12.01      0.17
  33. Val     GTT     3744.00     20.15      0.29
  34. Val     GTC     2601.00     14.00      0.20
  35.  
  36. Ala     GCG     5946.00     32.01      0.34
  37. Ala     GCA     3899.00     20.99      0.22
  38. Ala     GCT     3266.00     17.58      0.19
  39. Ala     GCC     4274.00     23.01      0.25
  40.  
  41. Arg     AGG      286.00      1.54      0.03
  42. Arg     AGA      464.00      2.50      0.04
  43. Ser     AGT     1366.00      7.35      0.13
  44. Ser     AGC     2871.00     15.45      0.27
  45.  
  46. Lys     AAG     2238.00     12.05      0.24
  47. Lys     AAA     7102.00     38.23      0.76
  48. Asn     AAT     3047.00     16.40      0.39
  49. Asn     AAC     4755.00     25.59      0.61
  50.  
  51. Met     atg     4756.00     25.60      1.00
  52. Ile     ATA      738.00      3.97      0.07
  53. Ile     ATT     4970.00     26.75      0.47
  54. Ile     ATC     4955.00     26.67      0.46
  55.  
  56. Thr     ACG     2375.00     12.78      0.23
  57. Thr     ACA     1263.00      6.80      0.12
  58. Thr     ACT     2160.00     11.63      0.21
  59. Thr     ACC     4437.00     23.88      0.43
  60.  
  61. Trp     TGG     2504.00     13.48      1.00
  62. End     TGA      180.00      0.97      0.30
  63. Cys     TGT      887.00      4.77      0.43
  64. Cys     TGC     1173.00      6.31      0.57
  65.  
  66. End     TAG       52.00      0.28      0.09
  67. End     TAA      371.00      2.00      0.62
  68. Tyr     TAT     3017.00     16.24      0.53
  69. Tyr     TAC     2629.00     14.15      0.47
  70.  
  71. Leu     TTG     2046.00     11.01      0.11
  72. Leu     TTA     1879.00     10.11      0.11
  73. Phe     TTT     3443.00     18.53      0.51
  74. Phe     TTC     3328.00     17.91      0.49
  75.  
  76. Ser     TCG     1434.00      7.72      0.13
  77. Ser     TCA     1274.00      6.86      0.12
  78. Ser     TCT     1992.00     10.72      0.19
  79. Ser     TCC     1794.00      9.66      0.17
  80.  
  81. Arg     CGG      851.00      4.58      0.08
  82. Arg     CGA      580.00      3.12      0.05
  83. Arg     CGT     4534.00     24.41      0.42
  84. Arg     CGC     4006.00     21.56      0.37
  85.  
  86. Gln     CAG     5389.00     29.01      0.69
  87. Gln     CAA     2375.00     12.78      0.31
  88. His     CAT     2145.00     11.55      0.52
  89. His     CAC     1987.00     10.70      0.48
  90.  
  91. Leu     CTG     9749.00     52.48      0.55
  92. Leu     CTA      565.00      3.04      0.03
  93. Leu     CTT     1857.00     10.00      0.10
  94. Leu     CTC     1764.00      9.50      0.10
  95.  
  96. Pro     CCG     4371.00     23.53      0.55
  97. Pro     CCA     1559.00      8.39      0.20
  98. Pro     CCT     1248.00      6.72      0.16
  99. Pro     CCC      785.00      4.23      0.10
  100.